Ngày 14/8/2026, Cục trưởng Cục Thuế ban hành Quyết định số 1161/QĐ-CT về Quy trình kiểm tra thuế. Quyết định có hiệu lực kể từ ngày ký và đặt ra quy trình thống nhất trong việc tổ chức thực hiện công tác kiểm tra thuế của cơ quan thuế.
Quy trình mới tiếp tục thể hiện định hướng tăng cường quản lý rủi ro, quản lý tuân thủ, khai thác dữ liệu và ứng dụng công nghệ thông tin trong công tác quản lý thuế.
Đối với doanh nghiệp, việc nắm rõ quy trình kiểm tra thuế có ý nghĩa quan trọng nhằm chủ động rà soát hồ sơ, nhận diện rủi ro và chuẩn bị phương án giải trình khi phát sinh hoạt động kiểm tra của cơ quan thuế.
1. Kiểm tra thuế được thực hiện theo những hình thức nào?
Theo quy định, hoạt động kiểm tra thuế có thể được thực hiện tại trụ sở cơ quan thuế hoặc trụ sở của người nộp thuế.
1.1. Kiểm tra thuế tại trụ sở cơ quan thuế
Đây là hoạt động kiểm tra được cơ quan thuế thực hiện trên cơ sở hồ sơ khai thuế, dữ liệu quản lý thuế và các thông tin có liên quan đến người nộp thuế.
Trong quá trình kiểm tra, trường hợp phát hiện hồ sơ có nội dung chưa rõ, chưa đầy đủ hoặc có dấu hiệu rủi ro, cơ quan thuế có thể yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin và tài liệu.
Trên cơ sở kết quả kiểm tra và giải trình của người nộp thuế, cơ quan thuế thực hiện xử lý theo quy định hoặc, khi có căn cứ, chuyển sang kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế.
Điều này cho thấy doanh nghiệp cần đặc biệt quan tâm đến tính thống nhất giữa dữ liệu kê khai thuế với hệ thống kế toán, hóa đơn điện tử và các hồ sơ, chứng từ liên quan.
2. Khi nào cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế?
Theo quy định hiện hành, việc kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế được thực hiện trong các trường hợp luật định. Có thể lưu ý 09 nhóm trường hợp chủ yếu, gồm:
Như vậy, kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp không chỉ phát sinh khi doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm mà còn có thể xuất phát từ quản lý rủi ro, kế hoạch kiểm tra, chuyên đề kiểm tra, hoàn thuế hoặc các sự kiện pháp lý đặc biệt của doanh nghiệp.
3. Đáng chú ý: xử lý trường hợp có dấu hiệu trốn thuế
Một nội dung doanh nghiệp cần đặc biệt quan tâm là việc kiểm tra đối với trường hợp có dấu hiệu trốn thuế.
Theo quy định của pháp luật quản lý thuế, khi có dấu hiệu trốn thuế, cơ quan quản lý thuế có thể áp dụng các biện pháp cần thiết theo thẩm quyền để xác minh và thu thập thông tin phục vụ việc xác định hành vi vi phạm.
Các biện pháp có thể bao gồm:
- Thu thập thông tin liên quan đến hành vi trốn thuế;
- Yêu cầu cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan cung cấp thông tin, tài liệu;
- Truy cập dữ liệu lưu trữ trên phần mềm kế toán, hóa đơn điện tử, máy tính tiền của người nộp thuế trong trường hợp và phạm vi pháp luật cho phép;
- Tạm giữ tài liệu có liên quan đến hành vi trốn thuế khi đáp ứng các điều kiện theo quy định pháp luật.
Điều này cho thấy phạm vi kiểm tra thuế hiện nay không chỉ giới hạn ở hồ sơ giấy mà ngày càng gắn với dữ liệu điện tử và hệ thống quản trị – kế toán của doanh nghiệp.
4. Quản lý rủi ro và dữ liệu ngày càng quan trọng trong kiểm tra thuế
Một trong những điểm doanh nghiệp cần chú ý khi tiếp cận Quy trình kiểm tra thuế mới là vai trò của quản lý rủi ro và ứng dụng công nghệ thông tin.
Trong bối cảnh dữ liệu về hóa đơn điện tử, kê khai thuế, nghĩa vụ thuế và nhiều thông tin liên quan được số hóa, cơ quan thuế có điều kiện đối chiếu, phân tích và nhận diện những dấu hiệu bất thường trong hoạt động của người nộp thuế.
Do đó, rủi ro kiểm tra có thể phát sinh từ chính sự không thống nhất giữa các nguồn dữ liệu của doanh nghiệp.
Ví dụ: Hóa đơn điện tử ≠ Tờ khai thuế ≠ Sổ kế toán ≠ Báo cáo tài chính
Nếu xuất hiện chênh lệch đáng kể mà doanh nghiệp không có hồ sơ hoặc căn cứ hợp lý để giải trình, đây có thể là vấn đề cần được rà soát và xử lý kịp thời.
5. Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì trước khi có quyết định kiểm tra thuế?
Thay vì chỉ rà soát hồ sơ sau khi nhận được quyết định kiểm tra, doanh nghiệp nên chủ động xây dựng cơ chế tự kiểm tra và quản trị rủi ro thuế định kỳ.
Một số công việc cần ưu tiên gồm:
- Một là, rà soát tính thống nhất của dữ liệu – Đối chiếu thường xuyên giữa: Hóa đơn – Hợp đồng – Chứng từ thanh toán – Sổ kế toán – Tờ khai thuế – Báo cáo tài chính.
- Hai là, kiểm tra hồ sơ chứng minh chi phí – Đặc biệt đối với các khoản chi phí có giá trị lớn, giao dịch với bên liên quan, chi phí dịch vụ, chi phí thuê ngoài và các khoản chi có nguy cơ bị cơ quan thuế đặt vấn đề về tính thực tế hoặc điều kiện được trừ.
- Ba là, rà soát thuế GTGT – Doanh nghiệp cần kiểm tra điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào, hồ sơ hoàn thuế, hóa đơn của nhà cung cấp và các giao dịch có dấu hiệu rủi ro.
- Bốn là, rà soát các giao dịch bất thường – Các biến động lớn về doanh thu, chi phí, lợi nhuận, thuế phải nộp hoặc những giao dịch không phù hợp với đặc điểm thông thường của hoạt động kinh doanh cần được xác định nguyên nhân và chuẩn bị hồ sơ giải trình.
- Năm là, xây dựng hồ sơ giải trình từ trước – Đối với những vấn đề có khả năng phát sinh tranh luận với cơ quan thuế, doanh nghiệp nên chuẩn bị đồng thời: Chứng từ thực tế + Căn cứ pháp lý + Lập luận giải trình.
6. Một số lưu ý khi doanh nghiệp nhận quyết định kiểm tra thuế
Khi nhận được quyết định kiểm tra, doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ căn cứ kiểm tra, phạm vi, nội dung, thời kỳ kiểm tra và thành phần đoàn kiểm tra.
Trong quá trình làm việc với đoàn kiểm tra, doanh nghiệp cần quản lý chặt chẽ việc cung cấp tài liệu; xác định rõ tài liệu nào đã cung cấp, thời điểm cung cấp và nội dung giải trình kèm theo.
Đối với những vấn đề có cách hiểu pháp lý khác nhau, doanh nghiệp không nên chỉ giải trình bằng lời nói mà cần chuẩn bị văn bản giải trình kèm căn cứ pháp luật và tài liệu chứng minh.
Đặc biệt, trước khi ký biên bản kiểm tra, doanh nghiệp cần rà soát kỹ từng nội dung, số liệu, căn cứ pháp lý và quan điểm của đoàn kiểm tra. Nếu không đồng ý với một phần hoặc toàn bộ kết luận, doanh nghiệp cần ghi nhận đầy đủ ý kiến và bảo lưu quan điểm theo quy định.
7. Kết luận
Quy trình kiểm tra thuế theo Quyết định số 1161/QĐ-CT ngày 14/8/2026 tiếp tục cho thấy xu hướng chuyển mạnh từ phương thức quản lý thuế truyền thống sang quản lý dựa trên dữ liệu, đánh giá rủi ro và mức độ tuân thủ của người nộp thuế.
Đối với doanh nghiệp, vấn đề quan trọng không chỉ là “chuẩn bị khi bị kiểm tra” mà cần chuyển sang tư duy chủ động quản trị rủi ro thuế trước kiểm tra.
Một hệ thống hồ sơ đầy đủ, dữ liệu nhất quán và phương án giải trình có căn cứ pháp lý sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế đáng kể rủi ro bị truy thu thuế, xử phạt vi phạm hành chính, tính tiền chậm nộp cũng như các tranh chấp phát sinh trong quá trình kiểm tra.
Khuyến nghị: Doanh nghiệp nên thực hiện rà soát thuế định kỳ hoặc thực hiện một đợt “kiểm tra thuế giả định” (Tax Health Check) trước khi cơ quan thuế tiến hành kiểm tra thực tế để kịp thời phát hiện và xử lý các rủi ro tiềm ẩn.
Cụ thể việc kiểm tra thuế được thống nhất thực hiện theo quy trình được ghi nhận tại Quyết định số 1161/QĐ-CT ngày 14/8/2026 như sau:
Bài viết có tính chất tham khảo, phổ biến thông tin pháp luật mà không nhằm mục đích cung cấp các tư vấn pháp lý. Nếu quý khách có nhu cầu tư vấn, hướng dẫn chi tiết về các quy định pháp luật, xin vui lòng liên hệ Công ty Luật TNHH MTV Việt Phúc qua số 0918.60.60.66 hoặc gửi email tư vấn đến info@vplaw.vn; việc áp dụng đối với từng trường hợp cụ thể cần được xem xét trên cơ sở hồ sơ và quy định pháp luật có liên quan.
